Im Oktober 1875 wechselte er in das Postamt von Benfeld in Elsaß-Lothringen. Im Oktober 1883 kam er erneut nach Lauenburg und leitete das hiesige Postamt. Im November 1902 ging er aufgrund gesundheitlicher Probleme in den Ruhestand und erhielt den Titel eines Rechnungsrates.

Johannes Friese war mit bedeutenden Persönlichkeiten bekannt, mit dem aus Rendsburg stammenden Direktor des Wallraff-Richartz-Museums in Köln, Dr. Carl Aldenhoven, und den Afrikareisenden und Gründer der deutschen Kolonie Ostafrika, Dr. Carl Peters aus Neuhaus (Elbe). Aufgrund seiner Sammeltätigkeiten lernte er Heinrich Schliemann kennen; laut Erzählungen der Familie soll Friese im Herbst 1886 eine Orientreise unternommen und dabei Heinrich Schliemann getroffen haben, der an den Ausgrabungen von Troja arbeitete.

Aber sein Sammelinteresse galt der engeren Heimat. Friese sammelte in seiner Freizeit und vor allem nach seiner Pensionierung vorgeschichtliche Fundstücke, insbesondere Waffen und Werkzeuge aus Stein. Dabei bewahrte er sämtliche Dinge auf, die historisch oder antiquarische von Bedeutung sein konnten. Hierzu gehörten die wenigen Überreste der 1689 ausgestorbenen Askanier, regionale Töpferwaren, Zunftgeschirr, Schmuck, Trachten, wertvolle Möbel und Gläser. Hinzu kamen alte Stadtbücher Lauenburgs, kostbare Bibeln und Gesangsbücher, Porträtkupferstiche und eine bedeutende Münzsammlung. Er sammelte auch Briefe, Urkunden und Schriften der Zünfte. Er durchsuchte die Häuser nach wertvollen alten Gegenständen. Alles zusammen galt seinerzeit als eine der größten Privatsammlungen Nordeuropas.

Friese besuchte Bibliotheken und Archive im In- und Ausland. Dabei schuf er zahlreiche Exzerpte aus Quellen und Literatur über die Geschichte Lauenburgs. Diese unterschiedlich wertvollen Dokumente wurden gemeinsam mit seiner Sammlung archiviert. Auf dem Wege zum Hannoverschen Staatsarchiv ereilte ihn am 1. März 1916 der Tod. Auf dem Friedhof von Ratzeburg liegt er begraben neben seiner Frau, die er bereits nach fünf Ehejahren verloren hatte.

Seine Sammlungen waren zunächst im Posthaus, dann im Elbzollhaus, später in seinem eigenen Haus Elbstraße 10 untergebracht. Nach seinem Tod erwarb die Stadt 1917 seine Sammlungen und lagerte sie im Ratskeller, Elbstraße 59. Dieser Ratskeller wurde 1927 Museum. Die Sammlungen des Postmeisters Johannes Friese bilden die Grundlage des heutigen Elbschiffahrtsmuseums.